一是垃圾中轉站的廢水處理技術尤為復雜。垃圾中轉站廢水處理難度大，既有市場因素，也有技術因素，還有宏觀環境和管理因素。治理過程的選擇要考慮很多方面，包括污染企業的生產過程。工廠污水處理工藝復雜，部分企業投資不足，廢水處理不好；部分企業投資不足，但由于后期管理不善，水標準，無法達到預期效果。與城市污水不同，垃圾中轉站的廢水成分復雜，工藝相對簡單。

二是廢水處理技術水平有限。就目前的技術水平而言，我國許多工業廢水的處理理論上不符合標準，檢驗可以處理，但不能實現真正的長期穩定運行。例如醫藥廢水、味精廢水等，處理難度較大，現有技術水平有待改進。

三是我國經濟發展不夠發達，不但污水處理難，對經濟貢獻大的高產污染企業依然存在。對于醫藥工業而言，國內許多制藥廠都是初級制藥企業，產污嚴重。國外制藥公司購買這些初級產品，并進行一些化學處理，以提高藥效，這一過程產生的污物較少，價值較高。然而，我國的醫藥生產技術還不夠發達，只是我國的醫藥生產技術還不夠發達，“干貨”，不僅附加值有限，而且造成環境污染。

四是工業園區垃圾中轉站廢水處理問題。工業園原本計劃集中處理垃圾中轉站的廢水，但在實踐中卻出現了新的問題。當所有廢水聚集在一起時，建立了公共中央污水處理廠，每個工廠的廢水都必須經過一定程度的處理。結果是污染物容易處理的工廠自己處理，到后面污垢大多難以處理，導致污水處理廠運行負荷過大，污染物無法減排。

五是“負效應”問題。一些污染企業不愿意在廢水處理上投入太多資金，追求利潤的企業仍然有這樣的想法，他們認為除了處理環境保護部門的檢查外，沒有必要增加資金。由于企業集中度的提高，工業廢水無法真正有效地處理。

六是市場混亂問題。污染控制企業（環保公司）承擔垃圾轉運站的廢水處理項目。因此，該行業出現了惡性競爭，導致一些從事工業廢水處理的企業在遇到機會后進行了轉型。

七是規模效應問題。與市政污水處理相比，很難形成規模效應，產生大企業。雖然這一領域也有好的環保公司，但日處理規模與市政污水處理企業相似，但很難達到100萬甚至1000萬噸。

八是業務模式的問題。每一家環境保護企業都有非常好的生存方式，但其主要模式仍然是“設計、采購、施工”，其他普遍適用的商業模式還在摸索中。

九是零排放誤區。工業廢水零排放在我國已有多年的歷史，但從實際情況來看，實際的零排放還不能實現，我國目前還沒有完全的零排放。零排放物的誤區使許多企業在這個問題上盲目地去上設備、技術。

十是排放標準難以執行，監管不力的問題。監督不嚴格，“一刀切”工業廢水處理行業也存在同樣的問題。